03/05/2026
Vérification des comptabilités informatisées et procédure.
En théorie, il est possible de tenir une comptabilité de manière manuscrite sur des cahiers spécifiques prévus à cet effet.
Mais en pratique, même si cela n’a aucun caractère obligatoire, l’utilisation de logiciels de comptabilité est recommandé.
Avec la généralisation de l’informatisation des comptabilités, l’administration a en conséquence de plus en plus recours à la vérification de ces comptabilités.
Pour ce type de vérification, le principal article du code des impôts qui s’applique est l’article L 47 A du Livre des procédures fiscales. Cet article se décline en deux parties bien distinctes, L47 A-1 et L47A-2.
Le BOFiP (Bulletin officiel des finances publiques) est la base documentaire unique à la disposition des usagers. Cette base est le support de diffusion dématérialisé de l’ensemble de la doctrine fiscale opposable par le contribuable à l’administration et elle expose sous les références BOI CF IOR 60 40 10 et sts la doctrine de l’administration sur les article L47 A-1 et 2.
L’administration se fonde sur l’article L47 A-1 pour se faire remettre le fichier des écritures comptables (FEC) lequel correspond à l’enregistrement informatique de la comptabilité.
L’article L47 A 1 du Livre des procédures fiscales permet à l’administration fiscale, lors d’une vérification de comptabilité, d’exploiter librement le Fichier des Écritures Comptables (FEC) remis par l’entreprise lorsque sa comptabilité est tenue au moyen de systèmes informatisés.
Il définit le cadre, les limites et les droits de l’administration dans cette exploitation.
Ce que permet précisément L47 A 1.
( BOI-CF-IOR-60-40-10)
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Cette disposition est obligatoire pour les contrôles pour lesquels l'avis de vérification est adressé depuis le 1er janvier 2014, pour tous les contribuables soumis par le code général des impôts (CGI) à l'obligation de tenir et de présenter des documents comptables.
Sont ainsi concernés les contribuables imposés à l'impôt sur les sociétés et à l'impôt sur le revenu dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux (BIC), des bénéfices non commerciaux (BNC) et des bénéfices agricoles (BA) selon un régime réel.
Lorsque la comptabilité est tenue au moyen de systèmes informatisés, le contribuable satisfait à l'obligation de représentation des documents comptables en remettant, au début des opérations de contrôle, une copie des fichiers des écritures comptables.
Les opérations qui peuvent être réalisées par l'administration sur les copies de fichiers sont limitées à des tris, des classements et tous calculs.
1. Il rappelle l’obligation pour l’entreprise de remettre son FEC.
Lorsque la comptabilité est informatisée, l’entreprise doit remettre au début du contrôle une copie dématérialisée du FEC, conforme aux normes fixées par arrêté.
C’est la seule manière de satisfaire à l’obligation de représentation des documents comptables.
2. il précise quels sont les investigations possibles de l’administration sur le FEC.
L’administration peut effectuer sur le FEC :
• Des tris ;
• Des classements ;
• Des calculs ;
• Des vérifications de concordance entre les écritures et les déclarations fiscales.
3. Il précise enfin la destruction obligatoire du FEC par l’administration
Enfin, avant la mise en recouvrement, l’administration devra détruire les copies du FEC transmises. C’est une garantie essentielle pour le contribuable.
Par contre le BOFIP précise bien que l’article L47 A 1 ne permet pas à l’administration de réaliser des opérations qui dépassent la simple exploitation du FEC telle que définie précédemment.
Sont ainsi exclus du L47 A 1 et relèvent du L47 A 2 :
• Les rapprochements entre fichiers hétérogènes (ex. clients ↔ banque) ;
• Les reconstitutions de chiffre d’affaires par croisement de bases ;
• Les traitements nécessitant un programme, un script ou un algorithme ;
• Les analyses portant sur des données extérieures au FEC.
Dès qu’il y a traitement informatique, (BOI-CF-IOR-60-40-30)
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Conformément aux dispositions du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales (LPF), les agents de l'administration fiscale peuvent effectuer leur contrôle en procédant à des traitements informatiques des données soumises à contrôle.
Dans ce cas, l’administration doit :
1. notifier par écrit la nature des traitements ;
2. laisser le contribuable choisir l’une des trois options prévues par L47 A 2 ;
3. respecter les garanties procédurales.
Par deux arrêts rendus le 7 mars 2019, le Conseil d’Etat (CE) a précisé sa jurisprudence relative aux conditions de mise en œuvre des dispositions de l’article L 47 A II du LPF dans sa rédaction en vigueur du 29 décembre 2007 au 8 décembre 2013 (cf annexe en fin d’étude):
« II. En présence d’une comptabilité tenue au moyen de systèmes informatisés et lorsqu’ils envisagent des traitements informatiques, les agents de l’administration fiscale indiquent par écrit au contribuable la nature des investigations souhaitées.
Le contribuable formalise par écrit son choix parmi l’une des options suivantes :
a. Les agents de l’Administration peuvent effectuer la vérification sur le matériel utilisé par le contribuable
b. Celui-ci peut effectuer lui-même tout ou partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification. Dans ce cas, l’Administration précise par écrit au contribuable, ou à un mandataire désigné à cet effet, les travaux à réaliser ainsi que le délai accordé pour les effectuer. Les résultats des traitements sont alors remis sous forme dématérialisée répondant à des normes fixées par arrêté du ministre chargé du budget
c. Le contribuable peut également demander que le contrôle ne soit pas effectué sur le matériel de l’entreprise. Il met alors à la disposition de l’Administration les copies des documents, données et traitements soumis à contrôle. Ces copies sont produites sur tous supports informatiques, répondant à des normes fixées par arrêté du ministre chargé du budget. L’Administration restitue au contribuable avant la mise en recouvrement les copies des fichiers et n’en conserve pas de double. L’Administration communique au contribuable, sous forme dématérialisée ou non au choix du contribuable, le résultat des traitements informatiques qui donne lieu à des rehaussements au plus t**d lors de l’envoi de la proposition de rectification mentionnée à l’article L. 57.
Le contribuable est informé des noms et adresses administratives des agents par qui ou sous le contrôle desquels les opérations sont réalisées. »
Bien que cet article ait connu des évolutions très significatives depuis décembre 2013, ces décisions sont importantes et éclairent utilement sur l’interprétation de ces dispositions par la haute assemblée.
Elle est parfaitement résumée par le rapporteur public, M. Romain Victor qui l’exprime en ces termes :
« Il faut veiller à ne pas fusionner des obligations qui s’imposent, le cas échéant, successivement à l’administration, le texte de l’article L. 47 A opérant une nette distinction entre, d’un côté, les « investigations souhaitées » par le service, qui font l’objet d’une information avant le choix du contribuable entre les trois options et, de l’autre, les « travaux à réaliser », qui font l’objet d’une information postérieure, le cas échéant, si le contribuable fait le choix d’effectuer lui-même tout ou partie des traitements informatiques.
Dans la première étape, il appartient à l’Administration, pour décrire la nature des investigations souhaitées, d’indiquer au contribuable sur quelles données (journaux de caisses, livres comptables…), au titre de quelles périodes, elle souhaite faire porter ses recherches et d’en dire un minimum sur l’objet de ces mêmes recherches, ce qui renvoie selon nous à la fois au but qu’elle s’est assignée (par exemple la détection de recettes non déclarées ou de recettes pour lesquelles un taux de TVA erroné a été appliqué) et aux modalités, autres qu’informatiques, selon lesquelles elle entend réaliser le contrôle, par exemple en procédant à des rapprochements entre tels et tels éléments.
Dans la seconde étape, il lui appartient, pour mettre le contribuable en mesure de réaliser lui-même tout ou partie des traitements qu’il a décidé d’effectuer, de l’éclairer sur la nature technique des travaux informatiques à réaliser, par exemple en extrayant des données d’un fichier recensant des ventes aux clients pour les confronter à des extractions de données figurant dans d’autres fichiers d’achats auprès des fournisseurs ou d’invendus.
Nous vous invitons donc à procéder à cette clarification de votre jurisprudence en collant au plus près de la lettre du texte de l’article L. 47 A, c’est-à-dire en vous en tenant aux mots « nature des investigations souhaitées », plutôt qu’aux mots « nature des traitements informatiques ».
Cette présentation a le mérite de s’aligner parfaitement sur la pratique et les recommandations du Service du contrôle fiscal de la DGFiP qui distingue clairement la « demande de traitement », où est précisée la « nature des investigations souhaitées » par le Service du « cahier des charges » dont le contenu doit, le cas échéant1, « mettre le contribuable en mesure de réaliser lui-même tout ou partie des traitements qu’il a décidé d’effectuer [, de] et l’éclairer sur la nature technique des travaux informatiques à réaliser ».
Mais cette simplicité relative ne doit pas tourner au simplisme.
En effet, si on peut facilement s’accorder sur l’objet de la « demande de traitement » qui doit « simplement » permettre au contribuable de choisir utilement entre les options a), b) et c) qui lui sont offertes, on ne peut ignorer que la complexité des environnements/systèmes informatiques actuels ne se satisfera bien souvent pas d’une formule elliptique telle que : « pour réaliser ces traitements, il serait nécessaire d’utiliser les données fournies par le logiciel Alliance Plus [ou au choix : SAP2 ou ORACLE ou SAGE…] » pour l’éclairer utilement dans son choix.
En pratique, sans entrer dans le détail d’un « cahier des charges » dont la rédaction par le Service n’est effectivement obligatoire qu’en cas de choix par le contribuable de l’option b) du II de l’article L 47 A du LPF, et malgré la pertinence des commentaires de Monsieur le rapporteur public au plan strictement juridique, un minimum de précisions sur la « nature des traitements3 » envisagés et sur « la nature technique des travaux informatiques à réaliser » est alors nécessaire pour permettre l’identification des données pertinentes pour la réalisation des traitements et éclairer utilement le choix du contribuable parmi les 3 options.
A défaut, il n’y a pas de réel choix possible entre les 3 options.
Cette situation, d’autant plus fréquente que l’environnement technique est complexe, n’est compatible ni avec la lettre du texte, ni avec l’intention du législateur qui, depuis 1990, a décidé d’offrir au contribuable vérifié le choix des modalités pratiques de son propre contrôle informatique4.
De ce point de vue, les récentes et insistantes recommandations du Service du contrôle fiscal de la DGFiP sur la nécessité d’engager rapidement et en amont de la demande de traitement un dialogue avec le contribuable pour en envisager la faisabilité technique, doivent être saluées et encouragées.
Sauf pour des systèmes informatiques très simples, et « Alliance Plus » en est peut-être un, si malgré les encouragements de l’administration centrale, le dialogue avec le Service s’avérait infructueux, nous ne pourrions alors que recommander aux contribuables de choisir l’option b)5 afin d’obtenir du vérificateur un « cahier des charges » contenant les éléments techniques indispensables à l’identification des « données élémentaires » nécessaires à la réalisation des traitements demandés.
Enfin, on ne peut que s’étonner de l’attitude des magistrats qui, à juste titre, n’hésitent pas à désigner des experts pour les assister dans l’examen de dossiers à fort contenus techniques dans des domaines complexes tels que le droit de la santé ou de l’urbanisme mais persistent à considérer que leurs compétences intrinsèques en matière fiscale sont suffisantes pour traiter seuls les dossiers de contrôle fiscal informatisé dans lesquels les technologies de l’information ont, et auront de plus en plus, un rôle déterminant.
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1 Choix pour l’option b) du II de l’article L 47 A II du LPF.
2 Ce qui est peut-être suffisant pour « Alliance Plus », que nous ne connaissons pas, ne peut pas l’être pour des ERP dans lesquels plusieurs milliers de tables / fichiers sont mis en œuvre pour remplir une fonction donnée. Un minimum de précisions sur la « la nature technique des travaux informatiques à réaliser » est alors indispensable pour permettre l’identification des données pertinentes pour la réalisation des traitements.
3 Et non la seule « nature des investigations souhaitées » comme précisé au 1er alinéa du II de l’article L 47 A du LPF.
4 Ce choix a été confirmé en 2007 lorsque le même législateur a refusé d’adopter un projet de révision de l’article L 47 A II du LPF qui prévoyait de confier à l’administration, et non plus au contribuable, la liberté du choix entre les 3 options.
5 Quitte à en changer ensuite dans un délai compatible avec le déroulement du contrôle fiscal lorsque la demande a été parfaitement comprise.
(option a du II de l'article L47 A du LPF) ou pour que le contrôle ne soit pas effectué sur le matériel de l'entreprise (option c du II de l'article L47 A du LPF), le point de départ de la prorogation du délai de vérification sur place si l'entreprise est visée à l'article L52 du LPF (cf. III-C).
Si le contribuable choisit d'effectuer lui-même les traitements informatiques (option b du II de l'article L47 A du LPF), le point de départ de la prorogation du délai de vérification sur place si l'entreprise relève des dispositions de l'article L52 du LPF est constitué par la date à laquelle le vérificateur lui remet le détail des travaux à réaliser.
CE, 8e et 3e ch., 7 mars 2019, SELAS Pharmacie Caluire 2 et EURL Paget, n° 416341 et n° 420428 (information du contribuable lors d’une vérification de comptabilité informatisée)
Deux exploitants d’officine pharmaceutique ont fait l’objet d’une vérification de comptabilité à l’issue de laquelle la DGFiP les ont assujettis à des cotisations supplémentaires d’IS et à des rappels de TVA, assorties d’intérêts de ret**d et de la majoration pour manœuvres frauduleuses de l’article 1729 du CGI. Ils demandent au TA de Lyon pour l’un et au TA de Dijon pour l’autre, de prononcer la décharge des cotisations supplémentaires et pénalités correspondantes, lesquels ont rejeté leurs demandes [22]. La CAA de Lyon [23], saisie par ceux-ci, a réformé ces jugements et prononcé la décharge des cotisations supplémentaires et pénalités correspondantes. Par un pourvoi en cassation, le ministre de l’Action et des Comptes publics demande au Conseil d’État d’annuler ces arrêts. Il est ici sollicité pour préciser sa jurisprudence antérieure [24] relative à l’application des dispositions de l’article L. 47 A-II du LPF au sujet du contrôle des comptabilités informatisées, et notamment l’information que les fonctionnaires de la DGFiP doivent délivrer au contribuable lorsqu’ils envisagent des traitements informatiques sur cette comptabilité. Dans ses conclusions, le rapporteur public rappelle l’importance des décisions du Conseil d’État du 18 janvier 2017 pour la lecture du II de l’article 47 A du LPF mais formule le vœu d’un retour à la lettre de la loi sans abandonner la jurisprudence antérieure pour autant [25]. Le vérificateur qui envisage un traitement informatique sur une comptabilité tenue au moyen de systèmes informatisés est tenu d’indiquer au contribuable, dans un premier temps, et au plus t**d au moment où il décide de procéder au traitement, par écrit et de manière suffisamment précise, la nature des investigations qu’il souhaite effectuer [26], afin de permettre à ce contribuable, dans un second temps, de choisir en toute connaissance de cause entre les trois options « a), b) et c) » qui lui sont offertes par l’article L. 47 A-II du LPF, à savoir : option a) : les agents de l’administration effectuent la vérification sur le matériel utilisé par l’entreprise ; option b) : l’entreprise effectue elle-même « tout ou partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification » ; option c) : l’entreprise demande que le contrôle ne soit pas effectué sur son matériel mais sur celui de la DGFiP. L’entreprise met alors à la disposition de la DGFiP les copies des documents, données et traitements soumis à contrôle. En l’espèce, le Conseil d’État vient préciser l’hypothèse du b) du II de l’article L. 47 A du LPF. Selon lui, les courriers adressés par le vérificateur aux entreprises identifiaient les données sur lesquelles il envisageait de conduire des investigations ainsi que l’objet de celles-ci, précisant ainsi « la nature des investigations » qu’il estimait nécessaires au contrôle. Selon lui, la CAA de Lyon, en exigeant excessivement de la DGFiP, a entaché son arrêt d’une erreur de droit (§4) et reformule ici l’étendue de l’exigence d’information du contribuable dans ce cas de figure. Si, dans un premier temps, le vérificateur doit toujours préciser les données sur lesquelles il entend faire porter ses recherches ainsi que l’objet de ces investigations avant le choix du contribuable entre les trois options « afin de permettre au contribuable de choisir en toute connaissance de cause entre les trois options offertes par ces dispositions » (§3) ; dans un second temps, il n’est pas tenu de préciser au contribuable la description technique des travaux informatiques à réaliser en vue de la mise en œuvre de ces investigations, sauf lorsque celui-ci a fait le choix d’effectuer lui-même tout ou partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification conformément au b) du II de l’article L. 47 A du LPF.
